构，精进外科正骨之术”，措辞极为谨慎，避开了“解剖”这个敏感词，强调目的是为了治疗外伤、战伤，并应对疫病。
奏表在朝中引起激烈争论。反对者言辞激烈：“以禽兽比人，已是褒渎！还要参考刑狱尸身记录，殊为不祥！”“医术关乎仁心，岂可如工匠般操刀弄斧？此非医道，乃屠沽之术！”“身体发肤，受之父母，孝之始也。如此作为，将置人伦于何地？”
支持者则多为务实派将领（他们深知军中伤兵若有更好的外科救治意味着什么）、部分经历过疫情的地方官，以及被李瑾私下说服的、对医学有开明看法的官员。双方争执不下。
关键时刻，武后发话了。她先是肯定了“仁心仁术”的重要性，接着话锋一转：“然，若无精妙之术，仁心何以施救？军中将士为国捐躯，若因救治无方而殒命，岂非令忠魂含恨？去岁洛阳时疫，若非格物院防疫之法略有效验，死者何止于此？太子太师所奏，重点在于培养疗伤防疫之实用医者，观察兽体亦为精进救治之术，且明言谨慎，不违大体。朕以为，可试行之。医学院可设，然需严加管束，以临床诊治、防疫活人为先，研究之事，需有限度，不得惊扰世俗，违者严惩。”
有了武后的定调，加上高宗皇帝对当年秦鸣鹤金针之术的好感，以及自身对“风疾”等病症治愈的渴望，最终下旨批准。麟德十一年春，“大唐医学院”在格物院旁专辟的院落正式挂牌成立。李瑾任名义上的“院监”，秦鸣鹤实际主持院务，并征召了太医署数位在伤科、针灸、本草方面有真才实学的博士，以及多位民间名医、军中经验丰富的疡医担任教习。首批学员一百二十人，来源复杂，有太医署的年轻医官，有民间郎中的子弟，有识字的军中伤兵老卒，甚至还有几个对医术感兴趣的道士和还俗僧人。
医学院的课程设置，体现了李瑾“融合古今，重视实践”的思路。上午学习《黄帝内经》、《伤寒论》、《神农本草经》等经典理论，但要求结合病例讨论；下午则分科学习，疡科学生必须学习初步的“形体明解”（以兽类解剖图和模型为主），练习伤口清洗、缝合、包扎技术，并使用特制的猪肉、羊肠进行模拟手术；医学（内科）学生则需学习疫病辨识、防疫措施，并开始尝试记录详细病案，包括症状、用药、疗效；药科学生则需学习药材辨识、炮制，甚至尝试用蒸馏法提纯酒精（用于消毒）、萃取某些植物精油。
最大的突破，发生在医学院成立三个月后。在极为保密的情况下，秦鸣鹤带领几名最信得过的疡科教习
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