实力，可以偏安于岛上。而朱由崧则只能倚重郑芝龙，这样郑芝龙摇身一变，就成了“开国功臣”。
这样一来，一个巨大的难题就摆在朱由检面前：怎么办？
其实朱由检早就想收拾郑芝龙了。于公，郑芝龙盘踞于东南海上大肆走私海盗，不但对海上贸易影响极大，而且严重威胁着大明安全。郑芝龙不除，则台湾无法收复，贸易线无法打通，朱由检所构想的对外开放格局也就无从谈起。
于私，郑芝龙身为武林六大世家之一的郑氏家主，企图通过联姻的方式兼并戚家军，让其弟郑芝豹迎娶戚美凤，却被朱由检搅黄，郑芝豹恼羞成怒之下竟然踹断了朱由检一条腿，并且劫持朱由检戚美凤李贞妍出海，从而引发了后面的一系列事件。这夺妻断腿之仇，朱由检想起来就恨得咬牙切齿，怎能不报？所以这一仗，是一定要打的！
可是，要消灭郑芝龙谈何容易。这家伙在海上纵横数十年，大小战舰不下百艘，更有八千料的旗舰，而且均配有从荷兰人西班牙人那里买来的先进火炮。他的手下不但有精通武艺的郑氏弟子，还有从日本招募的浪人东南亚招募的西方水手，战斗力不但远胜明军沿海的普通水师，就是北海舰队亦处于下风，甚至荷兰人西班牙人也不愿与之发生正面冲突。
现在如果立刻攻打郑芝龙，能有多少胜算？海战与陆战不同，人和智谋的作用不大，主要就的实力对比。而且海战基本上是一战定胜负，负者在短时间内再无翻盘机会。既然现在郑芝龙还没有公然宣布反叛，老人家说过“不打无准备之仗”，朱由检决定还是慎重些，做好充分的准备再动手。
知己知彼，百战不殆。朱由检立即用飞鸽传书密诏几个人进京：
一是北海舰队的戚显宗郑允浩，朱由检让他们走海路到山海关等候。
二是在湖南抗击叛军的朱聿键朱由榔两位藩王，以及统领湘兵的曾孟学。朱由检想亲眼两位在历史上赫赫有名的人物，另外也想得到一些洪承畴的消息，这个老东西至今下落不明，也是朱由检的一块心病。
三是在平叛之战中立下大功的黄得功和翁玉，他们对白莲教水军的情况颇为熟悉，也会有些帮助。
之所以用密诏，一是为了保密，避免郑芝龙有所察觉；二是为了节省时间；三是还涉及到两位藩王，如果用明诏的话，又会引来一堆麻烦。
戚显宗和郑允浩最快，他们留下北海舰队主力在长江口警戒，乘一艘小型战舰，仅用了两天就抵达山海关。其他人则在接诏以后骑快马
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