商毅带领着士兵保护着众官员以及宫女、太监，还包括朱由崧的两名嫔妃，以及朱由崧和朱师成的遗体，从皇宫西安门出了皇城，正好这时段鹏也带领着人马，分别从西安门外大街和珍珠楼西十八街赶到了皇城的西城墙边。
双方碰头之后，商毅立刻命令段鹏布置防线，准备迎战清军，然后招集所有的官员，道：“各位大人，现在清军己经杀入了南京城，皇城恐怕是守不住了，但我们不会让清军这样轻意就占领南京，一定会和清军死战到底。现在只有西北地区有商家军驻守，只要是过了钟鼓楼，就可以保护大家的安全，因此大家都向西北地区转移。”
这时有一个官员道：“商督师，我的府邸现在都在南城，我回去把家小都接出来，再向西北地区转移，你看可以吗？”
他这么一说，其他人也纷纷道：“是啊，是啊，我的家也在呀，家里的人都在府里等着，我们要把他们接出来。”
商毅也点了点头，道：“好，要去接家人的都去，不过现在淸军己经进了城，大家都要小心，接到家人之后，都到钟鼓楼来聚集，我会安排人手在那里接应大家。”
说完之后，众官员连同不少太监，呼拉一下就散了一大半，本来一起出皇宫的，有近二百人，现在只剩下三四十人没有走。在官员之中,只剩下六七人，不过其中包括史可法和吴甡在内，因为他们的家人都不在南京，因此也不用顾及府里。另外还朱由崧的两名嫔妃，加上宫女、太监等二十多名，以及明石姬带着得玄皇教众十几个人。
商毅道：“史阁老，吴阁老，这里马上就要打仗了，你们先保护着皇上的遗体，退到钟鼓楼去？”
史可法和吴甡也知道，自己留在这里也帮不上什么忙，而保护朱由崧的尸体也是大事，因此也答应了一声，带着其他人离开。商毅又从自己的卫队里拔了一个排出来保护他们撤离。
等史可法等人都撤走以后，商毅才开始安排兵力，现在商家军的兵力分布：是李定国部驻守在南京西边的莫愁湖，守卫着石城门和三山门，一个步兵旅驻守在聚宝门，留守在南京城里的，只有特种兵旅。
城里驻守的兵力，显然是不够的，而现在聚宝门是清军的主攻方向，不能从这里抽调人马，因此只能派人，从李定囯的第九师抽调一个团来，增援南京城里的驻守兵力。
从南京皇宫西门到钟鼓楼一带是南京城的中部城区，也是最繁华的^H 地区，这一带的街道纵横交错，岔口众多，密如棋盘，并不是一个好驻守的地
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