**黄教，**的其他教派也深受打击，**的政教合一基础被摧毁。
崇祯十一年春，薛家军千里突袭藏南，顾实汗最后的数千死党家属，被薛家军一举歼灭，薛云认为已经统一了**，正准备立即班师回朝，迎接建虏入侵京畿的这次大考，哪知道仇视薛云的**五世准备在布达拉宫宴请薛云时叛乱。
薛云洞悉了**五世的阴谋，立刻软禁了**五世，对**喇嘛的格鲁派（黄教）再次清洗，从此**黄教一蹶不振，而班禅额尔德尼的格鲁派靠近薛家军趁机崛起，后来成了**第一大教，因为依靠外来势力，班禅额尔德尼的格鲁派几百年后依然饱受本土顽固派的质疑。
薛云留下哈丹昭日格等一万薛家军驻守**，自己率领大军返回土谢图汗部，因为**五世叛乱的耽搁，到达土谢图汗部时，已经是崇祯十一年九月，薛云只在库伦城休息了五天，就率领十万大军返回大明。
薛云考虑让苔丝娜的儿子薛猛做藏王，把苔丝娜留在了库伦城，等薛猛大一些，**稳定一些后入藏；而娜仁高娃、布木布泰、郎氏随军返回大明，薛家军沿着外蒙古行军，进入寒冬的蒙古草原，让薛家军的行军速度缓慢，牲口和士兵的伤冻非常严重，崇祯十一年腊月，薛家军到达科尔沁边境，损失牲口三万多，牺牲战士一千人，还有一万人不同程度的冻伤。
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