在家乡闲居了十余年。
然而，与海瑞的起用形成鲜明对比的是，抗倭名将戚继光却被弹劾罢免回乡。戚继光曾率领戚家军在东南沿海抗击倭寇，立下了赫赫战功。但他因与张居正关系密切，在张居正死后也受到了牵连。他被弹劾“贪污军饷”“结党营私”，尽管这些指控大多是子虚乌有，但马圭历还是下令将他罢免。戚继光罢官后，回到家乡，不久便郁郁而终。
与此同时，兵部尚书张学颜致仕，御史李植被贬为陕西绥德知州。这些官员的变动，反映了当时朝廷政治的混乱和不公。有才干的官员被排挤，而阿谀奉承之辈却得以身居高位。
继凰七年五月，马圭历恢复了中断百年的“平台召对”制度。平台召对是皇帝与大臣们在宫中的平台上讨论朝政的一种制度，旨在加强君臣之间的沟通，提高决策的效率。然而，此时的马圭历早已无心朝政，平台召对往往流于形式。
六月，北京地区遭遇了严重的旱灾，田地干裂，庄稼颗粒无收。百姓们纷纷祈求上天降雨，马圭历也亲自步行至天坛祈雨。然而，祈雨仪式过后，北京地区不仅没有降雨，反而下起了暴雨。暴雨引发了洪水，冲毁了房屋和田地，造成了严重的损失。百姓们怨声载道，对朝廷的不满情绪日益高涨。
更让朝廷颜面扫地的是，六月出现了朝臣上朝稀少的现象。许多官员因对朝政不满，或是害怕卷入党争，纷纷以“身体不适”为由不上朝。朝堂之上，常常只有寥寥数名官员，显得格外冷清。
继凰七年七月，缅甸东吁王朝再次派军入侵云南。此时的大奉朝，已经陷入了多线作战的困境之中：东北的努尔哈赤势力日益壮大，西北的流民起义此起彼伏，朝廷的军队疲于奔命。
面对缅甸的入侵，朝廷无力再组织大规模的反击。为了稳住西南局势，朝廷决定主动讲和，割让部分城池给缅甸东吁王朝。这一决定遭到了许多大臣的反对，他们认为割地求和是丧权辱国的行为。但马圭历为了尽快结束战争，还是批准了这一议和方案。割地求和不仅让大奉朝失去了大片领土，更让朝廷的威信扫地。
继凰七年八月，河南地区发生了严重的旱灾。数月无雨，田地干裂，庄稼绝收。百姓们食不果腹，只能以树皮草根为食。许多人因饥饿而死，尸体遍布田野。河南的官员们虽然开仓赈济，但由于粮食储备不足，根本无法满足百姓的需求。
与此同时，北京地区先旱后水。旱灾刚过，便下起了连日的暴雨。暴雨引发了洪水，冲毁了京城的城墙和房屋，许
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